判斷細胞是否被污染可以從以下幾個方面入手：
一、肉眼觀察
1. 培養基外觀
  - 渾濁度：正常的細胞培養基是澄清透明的。如果發現培養基變得渾濁，這是細胞可能被細菌污染的一個明顯跡象。細菌在培養基中大量繁殖會導致培養基變渾濁，就像一杯清水變成了有雜質的渾水一樣。例如，常見的大腸桿菌污染會使培養基在短時間內（通常1 - 2天）變得很渾濁。
  - 顏色變化：培養基的顏色也能提供線索。多數細胞培養基含有pH指示劑，如酚紅。正常情況下，細胞代謝會使培養基的pH值發生一定變化，顏色也會相應改變。但如果顏色變化異常，可能提示污染。比如，真菌污染可能會使培養基顏色變深、變黑，這是因為真菌在生長過程中會產生一些代謝產物改變培養基的成分和顏色。
  - 漂浮物或沉淀物：除了渾濁和顏色變化外，觀察培養基中是否有漂浮物或沉淀物也很重要。如果有白色、黑色或其他顏色的絲狀、絮狀漂浮物，可能是真菌污染。一些細菌污染也可能產生顆粒狀的沉淀物。例如，葡萄球菌污染可能會在培養基底部出現一些白色的沉淀小顆粒。
2. 細胞培養瓶表面
  - 在培養瓶的內表面，如果出現菌斑、霉斑，很可能是真菌污染。這些菌斑可能是白色、黑色、綠色等不同顏色，形狀不規則，大小也不一。例如，黑曲霉污染時，在培養瓶壁上可以看到黑色的菌斑，而且菌斑會隨著時間逐漸擴大。
二、顯微鏡觀察
1.低倍鏡觀察（10x - 40x）
 - 細胞形態和密度：正常細胞在顯微鏡下有特定的形態和生長方式。如果細胞形態變得不規則、腫脹、破裂或者細胞密度突然降低（排除正常的細胞凋亡等情況），可能是受到了污染。例如，當細胞被細菌污染時，細菌產生的毒素可能會導致細胞破裂，在視野中可以看到細胞碎片增多。
  - 運動的微生物：細菌和一些原生動物污染在低倍鏡下可以觀察到運動的顆粒。細菌通常呈現小的、快速移動的顆粒狀，它們的運動方式多樣，有的是直線運動，有的是布朗運動。例如，假單胞菌在視野中會快速地游動，很容易被觀察到。
2. 高倍鏡觀察（100x - 400x）
  - 細菌形態：在高倍鏡下可以更清楚地看到細菌的形態，如球菌（圓形）、桿菌（桿狀）、螺旋菌（螺旋狀）等。這有助于初步判斷污染細菌的類型。例如，金黃色葡萄球菌呈球形，多個聚集在一起像葡萄一樣；大腸桿菌則是桿狀的細菌。
  - 真菌結構：對于真菌污染，可以看到菌絲和孢子。菌絲是絲狀的結構，粗細不均，有分支；孢子呈圓形或橢圓形。例如，青霉菌污染時可以看到典型的掃帚狀分支的菌絲和綠色的孢子。
  - 支原體觀察：支原體比細菌小，在普通光學顯微鏡下不容易看清其形態。但在高倍鏡下，如果仔細觀察，有時可以看到一些微小的、類似油煎蛋樣的結構（這是支原體在細胞表面生長形成的典型形態），不過這種觀察需要一定的經驗和仔細的觀察。
三、其他檢測方法
1. 細胞生長狀態
  - 生長速度：正常細胞有一定的生長曲線，包括潛伏期、對數生長期和平臺期。如果細胞生長速度明顯變慢或者停止生長，除了考慮培養條件（如營養不足、溫度不合適等）外，也要懷疑是否有污染。例如，支原體污染會使細胞的生長速度顯著降低，因為支原體消耗細胞培養基中的營養成分，并且會干擾細胞的代謝過程。
  - 代謝產物變化：可以通過檢測細胞培養上清液中的代謝產物來判斷是否污染。例如，乳酸脫氫酶（LDH）是一種細胞內酶，當細胞受到污染損傷時，LDH會釋放到培養基中，使上清液中LDH的含量升高。 2. 2. 檢測試劑盒
  - 支原體檢測試劑盒：由于支原體污染不易用顯微鏡觀察到，使用支原體檢測試劑盒是一種有效的檢測方法。例如，PCR - 基于檢測試劑盒可以檢測支原體的特定基因序列，熒光染色檢測試劑盒可以通過熒光標記的抗體來識別支原體。這些試劑盒具有較高的靈敏度和特異性，能夠準確地判斷細胞是否存在支原體污染。
  - 細菌和真菌檢測試劑盒：也有一些用于快速檢測細菌和真菌的試劑盒，它們通常基于抗原 - 抗體反應或者微生物的特定代謝產物檢測原理。這些試劑盒可以在短時間內（如幾小時內）給出檢測結果，幫助確定是否存在污染。